河川的祭祀與捕魚有關，目的也是祈求漁獲物豐收和漁人安全。臺灣原住民大體皆知捕魚，但對河伯的祭儀則不大普遍。曹族在狩獵祭后數日，各氏族的男子都在河邊祭祀河伯，稱為“密敖斯古”。阿美族在收獲祭之后也有集體捕魚，帶有河川祭的意思。住在蘭嶼的雅美人，因捕魚在經濟生活中占有重要地位，有關捕魚的祭儀不少，有飛魚漁祭、漁組結成祭、漁組招魚祭、小船初漁祭、個人漁中止祭、食飛魚祭、飛魚干收藏祭、飛魚終食祭等。

魚祭

原住民花蓮大港口阿美人祈神豐漁的祭儀。通常在農歷五月間一月夜舉行，由年青人攜獸肉、糯糕、酒等到秀姑巒溪口祀奉魚神，祭司祈禱豐漁。祭畢，大家下海網撈或垂釣，各逞其技，翌日中午回村前，將所捕魚蝦當場烹煮，并全部吃盡，禁忌剩余。爾后，青年級首領令參加者奔跑汲泉水飲用。魚祭當天禁忌上山農作，否則祭祀失靈，一年捕魚無獲。

船祭

原住民阿美人紀念祖先開基、祈神賜福的傳統祭祀，又稱“海祭”。源于祖先神話：相傳古時，阿美人女始祖里漏所部客居異鄉，她的兒子基波托與海神沙依寧交游甚篤，情同手足。海神向基波托傳授游泳、造船、駕船與祭船等技藝，還一同制造了三艘黑心本古船。后來里漏率眾出海，遭遇風暴，三艘古船載其脫險，于臺灣東岸登陸，開基建社。為感謝海神及古船的恩賜，后人遂設祭祀奉。祭儀原為十四年舉行一次，后改為七年舉行一次。通常在七八月問卜日舉行，為期十天。祭前，在當年里漏始祖登陸的海灘搭建一大茅草棚、船屋及祭壇。行祭時按長序級別入棚落座，由長老主祭，面對大海祭拜船屋里的古船，祈海神和祖靈保佑人壽年豐。此時，禁忌女性人內。祭畢，男女青年席地宴饗，向長老敬樽致謝。宴饗之后，舉行隆重的“試船祭”，即按六至八人編組，分批乘古船劃漿出海，約百米之遙折回，如此往復。青年模擬當年祖先登陸情景，操漿擊水，齊唱古戰歌；岸上觀眾群情激昂，歌舞助興，直至試船完畢，將古船放回原處供奉。宴饗歌舞，連日不歇。

飛魚祭

原住民雅美人酬謝飛魚王，祈神豐漁的傳統祭儀。源于神話：雅美人以獵捕飛魚為生，世居的蘭嶼島是太平洋黑潮暖流的必經之地，魚類靡集，尤以飛魚為最。相傳太古時，雅美人祖先夢見黑色飛魚王翩然而至，稟告漁汛、捕魚海域、捕魚方法以及有關禁忌等等。雅美人祖先視為吉兆，遵囑出海，果然滿載而歸。雅美人從此以獵捕飛魚為業，衣食豐足，并以隆重祭儀酬謝飛魚王，同時立下禁規，世代相襲，恪守不違。每年三月漁汛初潮至十月禁食飛魚，斷斷續續長達10個月。儀式繁復，禁忌頗多。按照獵魚程序，三四周飛魚旺季，以部落為單位組織船隊夜間出海，先后舉行招魚、豐漁、初夜、嘗新、解散等儀式。船員戴銀盔、坎肩，給新船、漁具、火把、竹筒等許血禳祓，唱招魚歌，祈神豐漁，并繞船狂跳吶喊作驅鬼狀。船員集體食宿，住處圍以籬笆，防范惡靈侵擾，禁止接觸異性。初嘗新魚須祭奠魚靈，酬神謝祖。四月船隊解散開禁，撤去宿地籬笆，船員回家食宿，以家庭為單位駕舟白天捕撈，直至六月，其間舉行晝漁、晝食、貯藏等儀式，除照例為小舟、漁具等禳祓之外，取淡水烹煮飛魚三條，合家默禱聚餐，并將曬干之魚貯甕備食。七月一日終止捕魚，家家戶戶打掃庭院，宰一山羊，舉行終食祭。十月禁止食魚，家藏魚干，最后一頓食后，剩余部分拋至野外，以示‘終食”。祭祀與捕魚期間，格守不性交，不越界捕魚，煮與吃魚時不開膛破肚，不投石于海，不喧嘩嘻鬧，不吃掉地之魚及豆、姜、柑等諸多禁忌。