禁忌是帶有宗教意義的禁規。它是人們懾于大自然的威力而采取的避禍遠害的消極手段。高山族有許多關于狩獵、農耕、祭祀及其他方面的禁忌，其目的在于：通過強制性的恪守這些禁規，避免不可覺察的危險，特別是死亡的發生，以維護生產、祭祀的正常活動以及社會倫理道德，不受影響和干擾。禁忌一旦被觸犯，大家預感到可能蒙受某種禍害而惶惶不安，當即中止正在進行一切活動，采取祈禱、咒語、噴酒、祭獻等祓禳方式，解除可能存在的危險；犯禁的人，輕則受罰，承擔祓禳饗宴的一切費用，重則處死贖罪。

在高山族多如牛毛的禁忌中，有些是共同的，各部落在任何情況下都要嚴守。具有普遍意義的禁忌，屬于視覺的，如禁忌遇見橫死者及其葬地、遇見動物交尾等；屬于觸覺的，如禁忌接觸神物、接觸死者的器物等；屬于行為的，如禁忌排氣、打噴嚏、同族性交等。特殊禁忌，如：女人不能接觸男人使用的獵具與武器，諸如弓、箭、槍、矛等，不得擅自進入男性會所和祭祀場地；男性不能接觸女人使用的織布機和生麻，在狩獵、捕魚及農忙期間，禁止與女性同房；成人在會所受訓期間，禁止與女性接觸；在捕魚、出獵或祭祀期間，家里不能斷火；祭祀期間不能吃魚等。其中，祭祀中打噴嚏尤為忌諱，南部高山族認為噴嚏意味著靈魂出殼，有招誘惡靈的危險，是禍事臨頭的征兆。

此外，生育方面的禁忌也很突出。主要有：禁忌生雙胞胎，迷信雙胎是野獸所在，預示著災禍將至，必殺其一以為禳災。布農人禁忌私生子，通常把私生子拋棄荒郊野外。阿美人生產禁忌男人與寡婦窺視，嬰兒禁忌父親懷抱，據說由于嬰兒軀體軟弱，會通過接觸使其父傳染軟弱的病癥，以致狩獵、出征時奔跑乏力，一無所獲。這條奇特的禁忌具母系特權社會確保孩子撫養權操在母方手里的“措施”。