祖靈祭在原住民各地區都有，原住民對祖靈的信仰，只是泛靈崇拜的一種表現，而未達到人格化的個別祖先的靈魂觀念。祖靈是泰雅族一切祭儀的主要對象，有時甚至把獵首攜歸的敵人的靈魂也包含在內。中部的阿里山曹族則幾乎沒有祖靈觀念，僅在其年終祭儀中舉行道路祭。賽夏、布農、阿美諸族的農神與祖靈觀念相混淆。排灣、魯凱與卑南族祖靈祭之觀念比較明確，有祖先之靈屋為祭所。祭祀時有招魂、送靈等儀式。

祖靈祭常在收獲祭后舉行，或與收獲祭合并舉行，目的在祈求豐收、子孫繁盛與健康平安，也帶有報謝及以新谷供獻祖先之意。祭儀各地略有不同。祖靈祭的執行團體有三種：第一種是純親族團體的氏族，如阿美族的“拉魯馬安”；第二種是親族團體兼地域團體的祭團，如賽夏族的“加西雅朗”；第三種是親族，如泰雅族以“格格”為祖靈祭之單位。祖靈祭通常在每月或播種祭、收獲祭時定期舉行，臨時事故發生時也用酒肉祭祀祖靈以為祈禳。各社祖靈祭的祭儀常稍有出入，例如大科嵌族群各家于祭日的清晨搗粟捏成飯團，各家長持飯團到司祭家，用一種松葉和麻絲包扎，司祭家預先備有樹架或新竹，以飯團縛于其上；接著由主祭領先，各家長持飯團隨之，走到山中大樹下，大家再把飯團綁在大樹枝上，由司祭高呼諸族名字，唱祝詞；祭畢一起歸社，開始宴歡。賽夏族的祖靈祭則以地區祭團為單位，族人各家長集合在司祭家中，司祭家梁上懸有一個“神物袋”為祖靈的神位。祭日當天大家各持一把糯粟到司祭家合搗成糕，主祭則蒸米為飯以祭祖靈，唱祝詞祈求佑護，祭畢，各家分糕共享，是日各家開始宴飲。

又如排灣族的“五年祭”是一種復雜的祖靈祭，由各貴族家聯合舉行。傳統祀把祖祭儀有一、二、三、五、六年之分，一年祭為小家祭五年祭為大祭，后合并為五年祭，每五年舉行一次。通常在小米或山芋收成后舉行。祭前，祭司卜日遣人上山采竹和藤蔓，制作藤球和刺球的竹竿，釀酒、制糕、殺豬，整治場地。家族主婦設祭，請暴卒橫死的孤魂野鬼到插著綠竹的石凳納涼小憩，勿再驚擾祖靈蒞臨，爾后，到房前屋后、墓地等處設祭祀奉祖靈，并與祖靈觀賞規模空前的刺藤球儀式。五年祭的第六日有兩項活動，就是刺球賽和舞會，刺球賽由為首者拋藤擲于空中，青年們各執一竹槍向之刺去，以刺中次數最多者為優勝。舞會則是全村青年參加，由本村最大頭人邀請全村青年飯宴跳舞，這兩項活動也是成年儀禮的最后節目。儀禮中青年們在自己家門口和身上帶茅草結，以示驅除惡靈。儀式始終充滿娛神悅祖、祈神攘福的吉慶氣氛。最后，祭司率領部落成員上山圍獵，祭祀遂告圓滿。

平埔西拉雅人的祭祖儀或叫“番那佛”。他們認為祖靈貯在被稱為“安干壺”的陶罐中，一般將陶罐供奉于部落會所或家宅的祭壇上，數量及裝飾因部落而異，一般有三個，頸部飾以紅布，口部插芭蕉葉。罐里裝清水，月初或月半換水一次。平時祀奉米糕、擯榔與獸骨等。祭祀儀式各部落不盡相同，通常一年祭祀三次：農歷六月十六日“半年祭”；八月十八日“收割祭”；九月十六日祖靈誕辰，儀式隆重，三個長老各捧一祖靈罐，祈祖保佑全族人壽年豐，爾后取罐中清水揮灑于地。屆時，全部落祭以米糕、豬肉、粟酒，日以繼夜地宴歡歌舞。

平埔和安雅人的傳統祭祖儀式叫“瑪布汗瓦格”，傳統于農歷七月二十至二十二日之間卜日舉行，為期三天，由未婚少年“麻達”主祭。參加祭祖的少年于黎明時分舉行賽跑，由村中起步，至祖靈地折回，表示繼承祖先尚武之風，優勝者得頭目獎賞旗幟一面。翌日，正式祀祖。少年沐發，以草繩約束，攜長槍，以糯米飯團、芭蕉葉和茅草等祭祖靈，吟唱祭祖歌，酬謝祖靈福佑之恩。第三天，頭目率眾出獵，全村宴飲歌舞。少年著民族盛裝，至頭目家歡宴，向頭目及長老敬樽。酒酣而歌，頓足起舞，群情激奮。一老婦擊鼓為節，眾人應和，齊唱頌祖歌，以慰祖靈，祭祀遂告結束。

泰雅人慶賀豐收、酬神謝祖的祭祀活動叫“瑪洛斯多安”。通常在小米收割后的六月間舉行，為期一月。“嘎嘎”共祭團祭司率眾出獵若干次，第一次所獲獵物均分與各家成員。其余留作豐年祭所需。出獵期間，恰守禁忌，如有傷亡或其他兇兆，說明有人觸犯禁忌，神靈不容，即刻中止狩獵，并將豐年祭推延一個月，如此者三，當年豐年祭自行取消。