1、對應軟件版本不同：.xls文件擴展名對應的是Microsoft Office EXCEL 2003及以前的版本。.xlsx文件擴展名對應的是Microsoft Office EXCEL 2007及后期的版本。

2、核心結構區別：.xls文件是一個特有的二進制格式，其核心結構是復合文檔類型的結構。.xlsx文件的核心結構是XML類型的結構，采用的是基于XML的壓縮方式，使其占用的空間更小。

3、軟件兼容不同：.xls文件既可以用Office EXCEL 2003版本打開，也可用Office EXCEL 2007及后期的版本打開。.xlsx文件只能用Office EXCEL 2007及后期的版本打開，Office EXCEL 2003版本使用不了。xlsx格式的文件的。如果要用Office EXCEL 2003版打開。xlsx文件，可以安裝Office兼容性補丁包，通過應用兼容性補丁包，Office EXCEL 2003的用戶可以打開、編輯、保存。xlsx格式的文檔。