1、高鐵的建設和運營成本依然是造成其虧損的主要原因之一，運營成本主要可以分為三大塊：一個是直接的變動成本，包括電費、人工費、維修維護以及一般的物資消耗等費用；一個是車輛、線路的折舊費；然后是財務費用，即建高鐵時的貸款、借債每年需要付的利息，僅這一項就是一個巨大的數目。目前我國高鐵運營成本較高，一直沒有得到很好地控制，甚至造成浪費。

2、高鐵盈利與否與其沿線的人口密度息息相關，長三角區域的高鐵普遍盈利能力突出，遵循人口紅利的邏輯，相比這些人口密集且經濟較發達的地區，很多通往西部地區的高鐵運營情況顯得非常窘迫。

3、其他運輸工具的競爭，近年來隨著高鐵開通的線路越來越多，速度越來越快，且比飛機更具價格優勢，選擇高鐵出行已經成了越來越多人的共識，但公路、航空業的提升以及高速公路的迅速增長使高鐵的競爭力有所下降。有人研究發現，一旦乘坐高鐵的時間超過4個小時，無論從時間還是價格上來看，飛機出行仍然是主流的選擇。