電影X戰警黑鳳凰劇情設置在20世紀八九十年代，故事將聚焦鳳凰女琴?葛蕾的內在人格被釋放后黑化為暗黑鳳凰，并與X戰警開戰的故事。

X戰警將面臨他們最強大又可怕的敵人：他們的一位成員――琴?葛蕾。在一次太空救援任務中，琴被一股神秘的宇宙力量擊中險些死亡。返回家中后，這股力量令她變得無比強大的同時也極不穩定。

琴在與體內能量搏斗期間釋放了自己無法控制也無法領會的力量。隨著不斷失去控制，琴傷害了她的至親之人。這一舉動割裂了維系X戰警的紐帶。

現在隨著X戰警家族漸漸分崩離析，他們必須找到辦法重新團結一心，不僅為拯救琴的靈魂，更為地球的安全。因為外星勢力正意圖武器化琴體內的力量并以此統治銀河系。

最終，萬磁王和X教授拋棄成見，一場大戰眾多的X戰警都犧牲了。而且與之相對的，眾多英雄犧牲的同時，琴無動于衷。就在最后關頭，琴飛向了太空，釋放了鳳凰之力。所有外星艦隊就都被摧毀了。