非營利組織會計準則與企業會計準則的大部分內容雷同。例如企業會計準則框架結構、制定的目的和依據、會計核算的四個基本前提等，與非營利組織會計準則完全相同；企業會計準則規定的一般原則，絕大部分適用于非營利組織會計。

企業會計準則將“利潤”作為一個會計要素，而非營利組織會計準則并未將“結余”作為會計要素，但在會計制度中又規定設置了“結余分配”“事業結余”和“經營結余”科目，在收入支出表中也列出了“結余”和“結余分配”項目。

政府及非營利組織的資產負債表和收入支出表，與會計的資產負債表和損益表的性質相同，但非營利組織的資產負債表卻采用了類似于“科目匯總表”的結構形式，將所有科目按照“資產部類”和“負債部類”左右順序排列，編制時只要把報告日的各科目余額直接填入即可。

根據政府機構改革的方案，除少數公益性非營利組織仍由政府財政供給以外，絕大部分非營利組織將逐漸取消財政撥款，以市場為導向，實行真正的自負盈虧。按照這種思路，非營利組織實行自負盈虧后，有些業務性質與企業相同，其會計政策與會計核算要求與企業不會有大的差別。