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北京大學醫學部學科覆蓋基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、藥學、預防醫學、護理學等六大門類。其開設的專業有:生理學與病理生理學系、病理學系、醫學遺傳學系、解剖學與組織胚胎學系、藥事管理與臨床藥學系、分子與細胞藥理學系、勞動衛生與環境衛生學系等等。
北大醫學部有專門的口腔學院,包含眾多口腔系專業。
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