《塞爾達傳說：時之笛》的故事發生于《塞爾達傳說》系列前四個作品之前。海拉爾平原是這個王國的樞紐，接通了海拉爾城和周邊的市鎮與其他多樣的地形。這個世界里住了不同種類的人種：長有尖耳朵的海拉爾人、住在火山洞穴的哥隆族、半魚人索拉族、居于森林的哥奇利族和強盜謝魯多族等。

游戲開始于主角林克的惡夢，夢中他看見一個男人騎著馬，在雷電交加的晚上追擊另一匹馬上的薩爾達公主。突然，妖精那比把林克由惡夢之中喚醒，并帶他到村落的守護神“大迪庫樹”面前。大迪庫樹受到咀咒，奄奄一息，林克進入樹的內部殺退敵人、解除了咀咒，但始終阻止不了大迪庫樹枯萎。

經過另一輪戰斗，蓋儂道夫已是強弩之末，林克立即舉起王者之劍擊倒蓋儂道夫。七賢者隨即把他封印在神圣領域之中，但仍持有力量之圣三角的蓋儂道夫大喊會向他們的后代報仇。最后，薩爾達公主用時之笛把林克送返他的童年。游戲以林克和薩爾達公主在城堡的花園中對望作結。