EM菌為一種混合菌一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌類。可用于食品添加，養殖病害防治，土壤改良、生根壯苗、污水治理等等。

由大約80種微生物組成，EM菌由日本琉球大學的比嘉照夫教授1982年研究成功，于80年代投入市場。EM菌是以光合細菌、乳酸菌、酵母菌和放線菌為主的10個屬80余個微生物復合而成的一種微生物菌制劑。

作用機理是形成EM菌和病原微生物爭奪營養的競爭，由于em菌在土壤中極易生存繁殖，所以能較快而穩定地占據土壤中的生態地位，形成有益的微生物菌的優勢群落，從而控制病原微生物的繁殖和對作物的侵襲。是生態農業的發展方向，更有利于農業的可持續發展。80年代末90年代初,EM菌已被日本、泰國、巴西、美國、印度尼西亞、斯里蘭卡等國廣泛應用于農業、養殖、種植、環保等領域，取得了明顯的經濟效益和生態效益。

有效微生物是EMResearchOrganization，Inc的富含碳水化合物的液體載體基質中常見的主要是厭氧微生物的各種混合物，全世界都在研究EM對農作物的功效。