《水經注》對于中國地理學的發展做出了重要貢獻，在中國和世界地理學史上有重要地位。《水經注》中山川景物的描寫，還被作為文學作品受到后人高度評價。書中的缺點也有：他因為是北朝人，所以南方水系的記錄有些簡單，其中還有些差錯。 當然，如此宏富的巨作，受到當時時代和條件的限制，難免存在不少錯誤。唐代杜佑在《通典》中即已明確指出其黃河河源問題上的紕繆”。另外由于他不可能到邊遠地區和南方進行實地調查，這方面錯誤也較多些。有些地方的引書也不盡可信等等，但這些并不損害全書價值。《水經注》原有40卷，宋初已缺5卷，后人將其所余35卷，重新編定成40卷。由于迭經傳抄翻刻，錯簡奪偽十分嚴重，有些章節甚至難以辨讀。明清時不少學者為研究《水經注》做了大量工作，有的訂正了經注混淆500余處，使經注基本恢復了原來面貌。有的做了不少輯佚工作，更多的是做了校勘注疏工作，清末著名學者楊守敬與其弟子熊會貞用了畢生精力撰寫了《水經注疏》和編繪了古今對照、朱墨套印的《水經注圖》，江蘇古籍出版社出版了有段熙仲點校、陳橋驛復校的《水經注疏》，為今后研究利用《水經注》提供了方便。