析族區類，振綱分目是《本草綱目》，此書采用“目隨綱舉”編寫體例，故以“綱目”名書。以《證類本草》為藍本加以變革。李時珍念本草一書歷代注解者謬誤亦多，遂考古證今，辨疑訂誤，廣采博收群書，在宋代唐慎微《經史證類備急本草》基礎上編成此書。

《本草綱目》版本頗多，除國外各種全譯或節譯本外，國內現存約七十二種，大致可分為“一祖三系”，即祖本(金陵本、攝元堂本)及江西本、錢本、張本三個系統。江西本系統，主要為明萬歷三十一年(1603)夏良心、張鼎思刻本等；錢本系統，主要為明崇禎十三年(1640)錢蔚起杭州六有堂刻本，并改繪藥圖，以及清順治十二年(1655)吳毓昌太和堂本，乾隆間《四庫全書》本即據此本抄錄；張本系統，主要為清光緒十一年(1885)張紹棠南京味古齋刻本，文字參校江西本、錢本，藥圖改繪后增加十余幅，并附《本草綱目拾遺》。1957年人民衛生出版社本即據張本影印，晚近通行本為1977年人民衛生出版社出版劉衡如校點本，1993年上海科學技術出版社金陵本影印本。