現在的黑龍江省并不是原來的黑龍江轄區行政轄地，原來的黑龍江轄區管轄黑龍江流域中上游和外興安嶺西部，現在的黑龍江省只管轄黑龍江南岸和原來吉林的南部部分地區，現在的黑龍江省是1954年才形成的。

清朝統一全國前，已經加強了對東北地區的統治，設盛京總管統轄。為抵御沙皇俄羅斯勢力對黑龍江流域的入侵，1652年，清廷派兵駐守，寧古塔、盛京兩昂邦章京并存，東北地區被劃分為兩大軍事駐防區域，也即兩個行政區域：在中國清朝時期黑龍江流域部分屬黑龍江將軍轄區，流域部分屬吉林將軍轄區。

今黑龍江地區大部分位于寧古塔將軍轄區（吉林將軍轄區）之內。1683年12月，清廷決定，劃出寧古塔將軍（吉林將軍）所轄之西北地區，增設鎮守黑龍江等處地方將軍，簡稱黑龍江將軍，管轄黑龍江將軍轄區。形成盛京、寧古塔、黑龍江三將軍共同守衛東北。這是黑龍江成一個軍事、行政區域并以“黑龍江”命名的開端。