雖然說水晶和瑪瑙的化學成分都是二氧化硅，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶的顏色一般比較淺，而瑪瑙的顏色自然純正，水晶的內部紋理呈棉絮狀，而瑪瑙內部有層狀的圓形條紋環帶。

1、晶體瑪瑙

水晶和瑪瑙化學成分都是二氧化硅，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶是由一個水晶整體組成，而瑪瑙是由無數個小的二氧化硅的晶體組成的，水晶的晶體是以瑪瑙為基礎的，一般有水晶的礦石就有瑪瑙。

2、顏色水晶

水晶的顏色一般較淺，呈透明狀，而瑪瑙的顏色自然純正，呈半透明狀。水晶的顏色有淺黃、淺黑色、褐紅色、粉紅色等，而瑪瑙的顏色有紅、黑、綠、藍等顏色，水晶的顏色透亮鮮艷，而瑪瑙的顏色是有漸變色的。

3.內部結構瑪瑙

水晶的內部有棉絮狀的紋理，而且不規則，大塊的水晶中還帶有少量的裂紋，如果將水晶做一個切口，斷口處油脂光澤。瑪瑙內部的紋理自然有規則，而且無雜質、無沙心、無裂紋，內部具有不同顏色的層狀圓形條紋環帶。