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申花隊1993年成立，被譽為上海足壇教父的徐根寶，是球隊的第一任教練，帶隊3年。其中，1995年申花隊在聯賽中獲得了9連勝的奇跡。隊長范志毅榮獲聯賽最佳射手和中國足球先生兩項榮譽。這3年的輝煌也直接奠定了申花隊在中國足壇傳統強隊的地位，同時涌現出了一大批優秀的球員。當時國家隊的半壁江山是由上海申花隊占據的。
2003年申花隊再獲聯賽冠軍。申花隊是中國頂級聯賽獲得亞軍次數最多的球隊，一共9次，此外還拿過2次季軍。中國職業聯賽至今，只有四支球隊沒有降過級，上海申花就是其中之一。
