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微生物的應用范圍非常廣泛，在各個領域的應用如下：
1、在酒類釀造、食品發酵和污水處理等方面扮演重要角色；
2、應用在醫學領域，如抗生素、荷爾蒙、疫苗、免疫調節劑、血液蛋白質等；
3、應用在農業領域，如家畜用藥、微生物肥料、微生物殺蟲劑、微生物除草劑等；
4、應用在特用品和食品添加劑，包括氨基酸、維生素、有機酸、核苷酸等；
5、應用在化學品和能源產品中，如酒精、甘油、甲烷等。
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