線粒體和核糖體。線粒體擁有自身的遺傳物質和遺傳體系，但其基因組大小有限，是一種半自主細胞器。核糖體沒有膜包被、由兩個亞基組成、因為功能需要可以附著至內質網或游離于細胞質。

線粒體的作用能量轉化

線粒體是真核生物進行氧化代謝的部位，是糖類、脂肪和氨基酸最終氧化釋放能量的場所。線粒體負責的最終氧化的共同途徑是三羧酸循環與氧化磷酸化，分別對應有氧呼吸的第二、三階段。

三羧酸循環

糖酵解中生成的每分子丙酮酸會被主動運輸轉運穿過線粒體膜。進入線粒體基質后，丙酮酸會被氧化，并與輔酶A結合生成CO2、還原型輔酶Ⅰ和乙酰輔酶A。乙酰輔酶A是三羧酸循環（也稱為“檸檬酸循環”或“Krebs循環”）的初級底物。參與該循環的酶除位于線粒體內膜的琥珀酸脫氫酶外都游離于線粒體基質中。

核糖體生理功能合成蛋白質。在生長旺盛的細胞中，每個核糖體和初生態的多肽鏈連接形成多聚核糖體。逐步將核糖體的蛋白質成分去掉不影響核糖體合成蛋白質的功能，核糖體的蛋白質成分只起維持形態和穩定功能的作用，起轉錄作用的可能是16SRNA。