馬蹄蓮花有毒，內含大量草本鈣結晶和生物堿，誤食會引起昏眠等中毒癥狀。該物種為中國植物圖譜數據庫收錄的無毒植物，其毒性為塊莖、佛焰苞和肉穗花序有毒。咀嚼一小塊塊莖可引起舌喉腫痛。一位8歲的女孩因食花序而中毒，昏迷12小時、24小時后恢復。馬蹄蓮可藥用，具有清熱解毒的功效。治燙傷，鮮馬蹄蓮塊莖適量，搗爛外敷。預防破傷風，在創傷處，用馬蹄蓮塊莖搗爛外敷。馬蹄蓮有毒，禁忌內服。此植物全身有毒，誤食一點點都會引起嘔吐，但煮過后可以喂野豬，煮過的葉子可以治輕微頭痛，但藥用都必須在醫生的指導下使用。