夏商屬梁州地，周屬巴子國，秦屬巴郡朐忍縣。東漢建安二十一年劉備分朐忍地置羊渠縣，治城今長灘，為萬州建縣之始。蜀漢建興八年，治城遷至今萬州區南岸。西魏廢帝二年，改南浦為魚泉縣，徙治江北。北周時期先改魚泉縣為安鄉縣，后又改萬川縣，與南州和萬川郡同治。隋開皇十年，廢萬州郡，改萬川縣為南浦縣，與南州同治。煬帝大業三年，省南州、南浦縣歸屬巴東郡。唐武德二年置南浦郡，領梁山、南浦、武寧3縣；武德八年改南浦郡為浦州。貞觀八年改浦州為萬州，天寶元年改萬州為南浦郡，乾元元年恢復萬州，仍與南浦縣同治。元世祖至元二十年，省南浦縣入萬州，領武寧一縣。明洪武四年，并武寧縣入萬州，六年降萬州為萬縣。民國二十四年設萬縣專區。